Gemt bag et anonymt udseende hus med have, garage og flagstang findes indgangen til et af de største og mest spektakulære bygningsværker i Danmark. Skjult for offentligheden og landets fjender opførte de danske myndigheder i 1960’erne en atomsikker bunker til 350 personer. Herfra skulle regeringen, kongehuset, forsvarschefen og de ledende embedsmænd fra centraladministrationen – i demokratiets mest komprimerede form – lede landet igennem 3. verdenskrig. Dette reserve-Christiansborg var så hemmeligt, at det ikke engang havde et officielt navn. Atombunkeren – der først efter flere årtier fik kodenavnet REGAN VEST – ligger flere hundrede meter inde i en bakke. Anlægget som er en underjordisk by med 232 rum, er bygget til at kunne klare en atomkrig, har egen vand- og elforsyning, hospital, radiostation, krisestyringsfaciliteter og en lejlighed til kongehuset. Med udgangspunkt i REGAN VEST fortælles nu for første gang den samlede historie om Nøddanmark og hvorfra og hvordan regeringen, civilregionerne og kommunerne kunne føre Danmark gennem atomkrig. Regeringsanlæggene – og en meget stor del af den civile beredskabsplanlægning – har hidtil været holdt usynlig og hemmelig. Danmark havde forberedt sin egen undergang med nødbegravelsespladser, nye pengesedler, en ny opdeling af landet og meget mere. Bogen er fyldt med anekdoter om f.eks. et hemmeligholdt dødsfald, inspektionsbesøg af dronningen, statsministerens dommedagstale, øvelser i at bemyndige brug af atombomber samt historien om faren og sønnen der, til begges store overraskelse, pludselig mødte hinanden 60 meter under jorden. 

Danmarks dybeste hemmelighed er desuden den eneste bog der indeholder fotos inde fra det aktive REGAN ØST.